آن‌گونه که از اخبار منتشر شده استنباط می‌شود، مولوی مهدی و طرفداران وی به عدم تأمین امنیت مناسب برای شیعیان و به‌ویژه اقوام هزاره و همچنین نادیده گرفتن آن‌ها در ساختار سیاسی و حاکمیتی طالبان، معترض هستند. اما صرف‌نظر از نتیجه این جنگ و اینکه آیا طالبان موفق به مهار کامل مولوی مهدی خواهند شد یا خیر؛ وقوع چنین تقابلی درون طالبان را می‌توان به چند موضوع مرتبط با ماهیت فکری و ساختار حاکمیتی طالبان منتسب دانست.                                                                 
۱- در حالی که سلطه دوباره طالبان بر افغانستان در آستانه یک سالگی قرار دارد؛ گذشت زمان این نکته را روشن می‌کند که حاکمیت طالبان دراین کشور بیش و پیش از آنکه ماهیت و اهدافی اسلام‌گرایانه داشته باشد، از تفکرات و انگیزه‌های قوی قوم‌گرایانه تأثیر می‌پذیرد. دقیقاً در همین چارچوب است که در حال حاضر نیز طالبان با بازگشت عوامل حکومت پیشین از قومیت پشتون نه تنها مشکلی ندارند بلکه از آن استقبال می‌کنند. اما آنچه طالبان با نام اسلام و شریعت به دنبال اجرا و اعمال آن در افغانستان هستند، در واقع بخشی از تفکرات و برداشت‌های پشتون‌ها از اسلام و آن چیزی است که در افغانستان به عنوان فرهنگ «پشتون والی» شناخته می‌شود.
۲- اگر بپذیریم حرکت طالبان از ابتدای شکل‌گیری تا کنون ماهیت اغلب قومیتی را دنبال کرده، این پرسش مطرح می‌شود که چرا طالبان در دوره پنج ساله سلطه پیشین خود بر افغانستان با چنین تضادها و مشکلات داخلی مواجه نشدند؟ پاسخ را می‌توان در این نکته جست‌وجو کرد که طالبان در دوره پیشین سلطه خود بر افغانستان بسیار یکدست‌تر از شرایط فعلی و عمدتاً متشکل از اقوام پشتونی بودند که با زور و قدرت نظامی توانستند کنترل خود را بر سایر نواحی افغانستان اعمال کنند. اما در دوره اخیر، رهبران طالبان بنابر ضعف اولیه‌شان در برابر دولت گذشته و همچنین نیازی که به همراهی مردم نواحی غیر پشتون داشتند؛ درصدد جلب مشارکت سایر اقوام برآمدند. جذب افرادی همچون فصیح‌الدین تاجیک تبار، صلاح‌الدین ایوبی ازبک و مولوی مهدی هزاره درون این گروه تنها زمانی امکان‌پذیر بود که مقامات و مناصب مهمی برای آن‌ها در نظر گرفته شود. اما اکنون که زمان تشکیل دولت توسط طالبان رسیده، ظاهراً پذیرفتن حضور افرادی غیرپشتون در مقامات رده بالای دولت امری بسیار دشوار تلقی می‌شود. 
۳- بستن راه مشارکت در ساختارهای عالی و حتی متوسط حکومتی برای افرادی چون مولوی مهدی که خود بخشی از طالبان محسوب شده و سال‌ها در کنار آن‌ها جنگیده‌اند، تنها می‌تواند یک پیام واضح برای جناح‌های داخلی افغانستان و همچنین برای جهانیان داشته باشد؛ اینکه طالبان تن به تشکیل حکومتی فراگیر و متشکل از همه اقوام و گروه‌ها بدهند انتظاری کاملاً بی‌مورد است. مدل حکومتی طالبان یک مدل سنتی و مبتنی بر الگوی استبدادی پادشاهان سابقی است که توانستند از طریق استبداد و سرکوب سایر اقوام، سال‌ها بر افغانستان حکومت کنند.